又必然要增加廣大植棉農民的負擔，加劇制種企業與植棉農民的矛盾。
違規棉種增多市場秩序混亂
由于雜交棉種價格相對要高，有的一些小型種業套用名牌品種，裝入假貨賺取非法利潤，坑害農民；有的用雜交一代與二代混裝，冒充一代棉種忽悠農民，有的甚至用二代充當一代，謀取高額利潤；有的種子經銷商出于對某些名牌品種的嫉妒心理，從甲地套購棉種到乙地惡意殺價，造成市場混亂，使名牌棉種遭致貶值。
種植導向不一農民把握不定
由于植棉比較效益下降，雜交棉種價格較高，制種用工又比其它作物制種要多，有的專家提出今后調減雜交棉，多