2003年，繼上海所、中檢院之后全國第三個通過國家實驗室認可；在全國省級食藥檢所中第一個取得國家局醫療器械檢驗資格。2004年成立中華人民共和國廣西口岸藥品檢驗所。2008年，被國家認監委列入第一批具有三聚氰胺檢測能力的實驗室。2011年，廣西首家通過食品檢驗機構資質認定；獲準成立廣西食品藥品安全評價人才小高地。2012年，成為廣西第一家獲得國家局化妝品行政許可檢驗資質的機構，填補了廣西空白。2013年，是廣西第二家獲得國家食品復檢機構的實驗室；獲批為廣西食品藥品安全檢測工程技術研究中心，填補了我區工程技術研究中心中食品藥品檢驗檢測領域空白。2014年，取得保健食品注冊檢驗機構資質；順利通過CMA-F、CNAS食品復評審及擴項評審。目前，取得CMA認證458項，CMAF認證735項，CNAS認可1200項180個產品。
積極參與國家、廣西自然科學基金、“十二五”重大科技專項等科研課題的研究，完成“十一五”國家科技支撐計劃項目、國家科技重大專項課題。2009年“復方丹參片補充檢驗方法”獲中國食品藥品質量監測技術成就獎；2010年被授予全國“藥品質量標準研究先進單位”稱號；2011年度榮獲中國藥學發展獎食品藥品質量檢測技術獎標準貢獻獎；2013年，“廣西壯藥法定質量標準體系規范化研究”榮獲廣西科技進步二等獎；2014年，榮獲2014年中國藥學會科學技術獎三等獎。平均每年發表學術論文40多篇。
擁有液-質及氣-質聯用儀、致病菌快速檢測系統等20萬元以上大型精密儀器185臺件，儀器裝備向專業化、自動化和智能化發展。設備總額由2000年的800多萬元，發展到目前的1.3億元，在區內食品藥品相關檢驗機構中位列第一，在全國省級食品藥品檢驗機構中名列前茅。
