分子標記輔助育種技術是在水稻、小麥、玉米、大豆、油菜等重要作物上，通過利用與目標性狀緊密連鎖的 DNA 分子標記對目標性狀進行間接選擇，以在早代就能夠對目標基因的轉移進行準確、穩定的選擇，而且克服隱性基因再度利用時識別的困難，從而加速育種進程，提高育種效率，選育抗病蟲、優質、高產的品種。分子輔助育種是農作物育種的一個趨勢，但其不能代替傳統育種的技術，而是更好的輔助傳統育種，給傳統育種加上了一雙“眼睛”，使我們更有目的、有方向的進行品種選育，最終實現品種設計（Crop design）育種理念的新突破。

 世界上知名的育種公司，如孟山都、先鋒良種、先正達、利馬格蘭等育種巨頭在九十年代初即開始利用分子輔助育種技術來進行良種選育。我國的農作物分子輔助育種的研究始于二十世紀初，雖起步稍晚，但在過去的近十幾年時間里，我國取得了重要的研究進展，例如：

    四川農業大學應用分子標記育種技術將抗稻瘟病基因[Pi-d(t)、Pi-d(t)2]和抗白葉枯病基因(Xa4、Xa21)分別導入水稻不育系和恢復系中，并獲得兼抗稻瘟病和白葉枯病的高產雜交水稻新組合；同時育成稻米品質的主要指標達到國家一級米標準的新組合E優540和E優532，推廣面積達90萬畝；

    安徽省農業科學院水稻研究所育成抗白葉枯病、光溫敏核不育系3418S和抗白葉枯病的BT型不育系。同時，還實現了Xa21（抗白葉枯）和Pi9（抗稻瘟病）基因的雙聚合，得到同時具有Xa21和Pi9基因的純合株系。

    云南農業大學通過分子標記檢測技術，在國際上首創利用水稻遺傳多樣性控制稻瘟病方法，獲得重大的突破，并受到國際著名學術刊物《自然》的高度評價。

    在小麥分子標記輔助育種方面，江蘇省農業科學院農業生物遺傳生理研究所篩選得到2份高抗赤霉病材料、研制出一個抗赤性超過蘇麥3號的新抗源。育成了70多個優質、高產、抗赤霉病新品系，其中審定品種揚麥9號、生抗2號累計推廣面積已超過350萬畝。

華中農業大學利用分子標記輔助育種現代生物技術對油菜"華油雜3號"恢復系"恢-5200"進行改良，選育出耐菌核病的恢復系"7-5"。用不育系"8086A"與恢復系"7-5"配制出雜種油菜"華油雜6號"。"華油雜6號"已在湖北、湖南、安徽、河南、江蘇、浙江進入大面積推廣應用，累計推廣595萬畝。

    在育種研究方面，分子輔助育種也得到了育種工作者們的高度關注。國外育種界權威雜志《Plant Breeding》、《Molecular Breeding》、《TAG》等刊物基本上全部是分子輔助育種方面的研究，國內農作物育種權威雜志《雜交水稻》、《分子植物育種》、《作物學報》等刊物也大多刊登分子輔助育種方面的研究進展。因此分子輔助育種作為一種新興的育種輔助手段已得到國內外育種工作者一致的認可，并且取得了豐碩的成果。

    現今，分子標記輔助育種在省級及以上農業科研單位已經得到普及應用。由于意識到了其巨大的效益和潛在的價值，很多地市級農業科研單位也已建成了分子輔助育種實驗室，并以此選育出了很多優秀的品種，同時發表了較高檔次的研究論文。

    我所作為陜西省水稻育種方面的權威，為我省的水稻育種事業做出了巨大的貢獻。面對著農業育種領域的“變革”，我所定能掌控大局，與時俱進，堅持科學發展觀，將我省水稻育種推向新的高峰，為陜西省的農業科學研究做出更大的貢獻。