（1）飼養方式落后 我國的肉鴨養殖業主要采用低投入、開放式大棚生產模式。這種小規模庭院式飼養方式的飼養量占全國總飼養量的80%～90%。其基礎設施和設備非常簡陋，飼養環境差，養殖技術不規范；飼養規模小，生產效率低，不能做到“全進全出”；衛生條件差、防疫困難，不能定期按計劃進行消毒防疫，使用疫苗和獸藥不規范，鴨群發生傳染病和其它疾病的幾率相對較高。

（2）疾病防疫不規范 近年來，禽流感、小鴨肝炎、鴨漿膜炎、大腸桿菌等疾病已經給我國的養鴨業造成了較大經濟損失。疾病危害肉鴨健康，降低肉鴨的 生產性能和養殖業的經濟效益。養殖戶為了防治肉鴨疫病，濫用獸藥，使肉鴨產品的衛生、安全不能得到保障，給食品安全性帶來隱患，危害人類健康。因此，應堅持以預防為主，防重于治的原則，定期消毒，加強免疫。

（3）飼料品質差 飼料成本占養殖生產總成本的65%以上，是肉鴨養殖能否取得經濟效益的關鍵。然而，由于我國尚未建立肉鴨的營養需要量標準，許多飼料企業配制飼料依據自己的經驗，造成肉鴨飼料不穩定，品質往往較差，給養殖場造成損失。

（4）環境污染嚴重 肉鴨養殖企業或農戶的環境保護意識不強，將糞污任意堆放在鴨場周圍、公路邊、村邊，或直排河道，造成水體污染、環境惡化。

（5）產品加工工藝落后 雖然我國鴨產品豐富多樣，但大部分是以傳統手工作坊式加工生產，由于加工手段和工藝落后，生產的產品檔次低，不能完全適應現代消費需求和出口需要。