德州市農業科學研究院小麥研究所始建于1961年，前身為德州地區農科所作物系、作物研究室，1978年2月，作物系改為研究室，正式成立小麥研究室，2006年10月正式更名為德州市農業科學研究院小麥研究所。主要從事冬小麥種質資源、遺傳育種、栽培生理及病蟲害防治等方面的研究與開發工作。現有科技人員15人，其中研究員3人，碩士5人，農藝師7人，助理農藝師5人，人才梯隊較為合理，技術力量較為雄厚。

德州市農業科學研究院作為德州市唯一的綜合性農業科研單位，在農業產業開發、農業技術推廣等方面也一直走在最前列。小麥研究所一直致力于冬小麥的育種、栽培及病蟲草害防治等方面研究，在冬小麥育種、栽培技術及病蟲草害防治方面有著雄厚的研究基礎，并積累了豐富的實踐經驗。冬小麥抗旱耐鹽育種是我院小麥研究所的傳統優勢項目：在60年代，育成我國第一個耐鹽小麥品種德選1號，獲得山東省科技大會獎，“德選一號”作為山東農業科技的重要成果，也被列為山東農展館的館存品牌，展示多年。該品種在相當長的一段時間內作為全國鑒定和篩選耐鹽小麥品種的對照品種；80年代育成晚播早熟的魯麥6號和抗旱耐鹽的魯麥10號；90年代育成耐鹽性更強的德抗961，德抗961在我市及周邊地區鹽堿地的種植上發揮了極大的作用；在最近幾年，面臨水資源緊缺和逐漸加劇的干旱威脅，小麥研究所把優質抗旱小麥新品種選育作為工作重點來抓，先后選育并通過審定H6756、山融3號、山農16等抗旱小麥新品種，其中作為旱肥地推廣品種，山農16被推薦為山東省2009年主推品種，已進入山東省小麥良種補貼范圍；小麥研究所選育的06-3品系參加了2008-2009年度山東省旱地小麥區域試驗，現已進入下一年度區域試驗；另有1個品系已通過2010年的旱地區試，進入2011年的生產試驗；隨著生產形勢的變化和人們消費水平的提高，人們對品質的要求越來越高，我們在以抗旱、耐鹽育種為主的基礎上，近年來加強了優質、高產小麥新品種的選育工作。經過我所科技人員的共同努力，已經育出3個有苗頭的新品系，希望盡快選育出能為我市乃至全省小麥生產發揮巨大作用的新品種。

小麥研究所曾主持和參加了多個國家級、省部級項目：九十年代作為課題組成員參與了山東省三零工程的工作，德州市30萬畝冬小麥精播高產技術開發試驗研究。近幾年作為課題組成員單位參與了山東省良種工程項目。2005年以來，先后主持和參與承擔的省部級科研項目有：“耐鹽冬小麥細胞工程技術體系的建立” （國家重點科技攻關項目）、“抗旱耐鹽優質小麥新品種（系）及節本增效種植技術推廣” （山東省財政廳支農項目）、“抗鹽堿小麥新品種德抗961試驗示范”（國家科技部農業科技成果轉化資金項目）、“抗旱耐鹽優質小麥新品種選育、配套栽培技術及抗性機理研究”（山東省科技攻關項目）、“抗旱小麥新品種山農16號及配套栽培技術推廣示范”（山東省農業成果轉化資金項目）、“高產優質抗逆超級小麥新品種培育”子課題“抗逆小麥新品種選育”（山東省農業良種工程項目），以及“德州市優質小麥原原種擴繁基地建設” （農業部農業綜合開發項目） 、“利用高新技術選育抗鹽、優質小麥新品種” （山東省科技攻關項目）、“旱地小麥新品種選育” （山東省農業良種工程項目）、“抗逆（鹽、旱）冬小麥新品種選育” （山東省農業成果轉化資金項目）等。2005年以來小麥研究所獲得省市獎勵10項。小麥研究所在《作物學報》、《麥類作物學報》、《中國農學通報》、《激光生物學報》、《作物雜志》、《山東農業科學》等期刊上發表小麥方面的學術論文70余篇，在國內小麥研究領域尤其是耐鹽小麥育種及耐鹽鑒定方面具有較高的學術影響。

小麥研究所在利用激光誘導、等離子束輻射、DNA導入等現代生物技術育種上，取得了驕人的成績：1998年以魯麥 8號小麥為受體，將蘆葦草 DNA導入入到魯麥 8號受體細胞核內，選育出了89D252213和89D311119等抗鹽性新品系；運用激光誘導、外援DNA導入技術培育冬小麥技術研究1999年獲市科技進步2等獎；利用高新技術進行冬小麥超高產育種選育出了小麥新品系“德州大穗”，1995年順利通過中國工程學院院士余松烈教授等知名專家參加的測產驗收，較好的解決了穗粒數與粒重、高產與倒伏的矛盾，該品系當年較對照增產25-30%，并制定出配套的栽培技術。隨著新品系、新技術在全市的推廣應用，德州市農科院小麥研究所對德州市農業的增產、農民的增收提供了堅強的科技后盾。

目前，小麥研究所在院領導的關心與支持下，積極與國內各大科研院所開展技術合作與業務交流，先后與中國科學院遺傳與發育生物學研究所、中國農科院作物所、山東農業大學、山東省農科院作物所等科研院所建立了穩定的業務合作關系，同時加強與黃淮海地區小麥育種與栽培研究單位的聯系。從中了解了本學科前沿動態信息，增強了技術儲備，豐富了育種資源，為促進我所小麥育種與栽培研究水平的進一步提高奠定了基礎。